A Igreja Presbiteriana Conservadora do Brasil surgiu em 11 de Fevereiro de 1940 quando, após dois anos de debates e discussões internas sobre questões doutrinárias, a 2ª Igreja Presbiteriana Independente de São Paulo desligou-se da federação eclesiástica a que pertencia para tornar-se Igreja Presbiteriana Conservadora de São Paulo. A questão versava principalmente sobre a doutrina das "Penas Eternas" ou do "Sofrimento Eterno dos ímpios".

No "Manifesto às Igrejas Evangélicas" que publicou em "O Presbiteriano Conservador", logo após a separação, dentre outras coisas é dito: Esta nova Igreja é, sem dúvida, o fruto de um acendrado apego à doutrina.

Não seguimos o formalismo religioso que orienta a personalidade para simples aceitação intelectual de determinadas verdades, que permanecem, todavia, estéreis e improdutivas.

Longe disso, reconhecemos a exata posição do dogma na vida religiosa e a imprescindível necessidade da defesa da doutrina como uma das condições essenciais para o estabelecimento daquela vida. Este é o real ensino de Cristo.

Assim sendo, queremos a nossa posição no seio do Evangelismo nacional se caracterize por uma atitude construtiva e de defesa aos princípios fundamentais do Cristianismo, tais como entendem a Confissão de Fé e os Catecismos de Westminster (tradução brasileira).

Pregando ardorosamente o Evangelho de Cristo aos pecadores, como sendo este Evangelho (a doutrina) o único meio de conduzir os homens a Cristo - o Salvador, cerraremos fileiras em torno da ortodoxia e montaremos guarda, sempre alerta, à sua conservação integral. Por isso, queremos ser chamados presbiterianos conservadores.